Shinichi Kudo, seorang detektif SMA berusia 17 tahun yang biasanya membantu polisi memecahkan kasus, diserang oelh 2 anggota organisasi misterius ketika mengawasi sebuah pemerasan. Dia kemudian diberi minum racun misterius yang baru selesai dikembangkan yang ditujukan untuk membunuhnya, namun karena sebuah efek samping yang jarang terjadi yang tidak diketahui anggota organisasi tersebut, racun tersebut mengakibatkan tubuhnya mengecil seperti bocah berusia tujuh tahun setelah mereka meninggalkannya.
Setelah dia sadar tubuhnya menjadi kecil, dia pun memberitahukan bahwa tubuhnya telah menyusut kepada Profesor Agasa, tetangganya yang merupakan seorang peneliti. Mulanya Profesor Agasa tidak percaya, namun karena Shinichi yang tubuhnya mengecil itu menunjukkan kemampuan analisisnya yang luar biasa, maka Profesor Agasa pun percaya bahwa dia adalah Shinichi Kudo yang tubuhnya mengecil.
Karena teman sejak kecil Shinichi, Ran Mouri, memiliki firasat buruk terhadap Shinichi, maka Ran pun mencari- cari Shinichi. Tempat yang pertama dicari Ran adalah rumah Shinichi. Kebetulan Profesor Agasa dan Shinichi yang tubuhnya menyusut ada disana, ketika Ran Mouri menanyakan nama dari bocah kecil yang sebenarnya Shinichi yang tubuhnya menyusut, dia menyebutkan bahwa namanya adalah "Conan Edogawa". Nama "Conan" berasal dari nama pengarang buku detektif terkenal Sherlock Holmes, Sir Arthur Conan Doyle, sedangkan nama "Edogawa" berasal dari nama Edogawa Ranpo. Edogawa Ranpo adalah pengarang novel detektif yang paling terkenal di Jepang. Conan lalu mulai mencari tahu seluk beluk organisasi misterius tersebut sambil tinggal di rumahnya Ran Mouri yang berada di daerah Beika. Nama Beika merupakan rujukan dari nama jalan tempat tinggal Sherlock Holmes (Baker Street). Baker di Jepang diucapkan sebagai Beika.
Karena mengecilnya tubuh Shinichi, analisis Conan sama sekali tidak dipercaya polisi karena dianggap sebagai anak kecil. Jadi, Conan terpaksa membuat ayah Ran, Kogoro Mouri, yang merupakan seorang detektif payah, untuk memecahkan berbagai kasus kejahatan, dengan harapan dapat melacak jejak organisasi tersebut. Kemudian kisah selanjutnya menjadi semakin rumit dan melibatkan berbagai individu. Conan didaftarkan oleh Profesor Agasa ke dalam SD Teitan sebagai murid kelas 1 SD pindahan dari daerah lain. Sekolah TeiTan merupakan permainan kata dalam bahasa Jepang (TanTei= Detektif). Ran Mouri pernah beberapa kali mencurigai bahwa Conan adalah Shinichi, namun karena kecerdikkan Conan, maka Ran pun percaya bahwa Conan bukanlah Shinichi.
Setelah dia sadar tubuhnya menjadi kecil, dia pun memberitahukan bahwa tubuhnya telah menyusut kepada Profesor Agasa, tetangganya yang merupakan seorang peneliti. Mulanya Profesor Agasa tidak percaya, namun karena Shinichi yang tubuhnya mengecil itu menunjukkan kemampuan analisisnya yang luar biasa, maka Profesor Agasa pun percaya bahwa dia adalah Shinichi Kudo yang tubuhnya mengecil.
Karena teman sejak kecil Shinichi, Ran Mouri, memiliki firasat buruk terhadap Shinichi, maka Ran pun mencari- cari Shinichi. Tempat yang pertama dicari Ran adalah rumah Shinichi. Kebetulan Profesor Agasa dan Shinichi yang tubuhnya menyusut ada disana, ketika Ran Mouri menanyakan nama dari bocah kecil yang sebenarnya Shinichi yang tubuhnya menyusut, dia menyebutkan bahwa namanya adalah "Conan Edogawa". Nama "Conan" berasal dari nama pengarang buku detektif terkenal Sherlock Holmes, Sir Arthur Conan Doyle, sedangkan nama "Edogawa" berasal dari nama Edogawa Ranpo. Edogawa Ranpo adalah pengarang novel detektif yang paling terkenal di Jepang. Conan lalu mulai mencari tahu seluk beluk organisasi misterius tersebut sambil tinggal di rumahnya Ran Mouri yang berada di daerah Beika. Nama Beika merupakan rujukan dari nama jalan tempat tinggal Sherlock Holmes (Baker Street). Baker di Jepang diucapkan sebagai Beika.
Karena mengecilnya tubuh Shinichi, analisis Conan sama sekali tidak dipercaya polisi karena dianggap sebagai anak kecil. Jadi, Conan terpaksa membuat ayah Ran, Kogoro Mouri, yang merupakan seorang detektif payah, untuk memecahkan berbagai kasus kejahatan, dengan harapan dapat melacak jejak organisasi tersebut. Kemudian kisah selanjutnya menjadi semakin rumit dan melibatkan berbagai individu. Conan didaftarkan oleh Profesor Agasa ke dalam SD Teitan sebagai murid kelas 1 SD pindahan dari daerah lain. Sekolah TeiTan merupakan permainan kata dalam bahasa Jepang (TanTei= Detektif). Ran Mouri pernah beberapa kali mencurigai bahwa Conan adalah Shinichi, namun karena kecerdikkan Conan, maka Ran pun percaya bahwa Conan bukanlah Shinichi.
Anggota Organisasi Hitam yang telah diketahui adalah Gin, Vodka, Vermouth, Pisco, Tequilla, Calvados, Chianti, Kir (nama asli : Hidemi Hondou, dikenal sebagai Rena Mizunashi, kakak Eisuke Hondou), Kusuda Rikumichi, Masami Hirota (nama asli : Akemi Miyano, kakaknya Ai Haibara), Sherry (nama asli : Shiho Miyano,Ai Haibara), Bourbon, Rye (nama asli : Shuichi Akai, mantan anggota organisasi ini), Hell Angel (nama asli : Elena Miyano, ibu Ai Haibara), serta Big Boss yang selalu ditampilkan secara kabur (blur) dan selalu disebut oleh Gin sebagai Anokata (orang itu).
